前言#
讀研這麼久，總算開始產出一點科研成果（bushi）。
從寫開題報告開始使用 zotero 閱讀文獻（ctrl+c, ctrl+v），到現在又半年多了。科研搞得基本沒啥動靜，嘆氣。
然後現在課題又進入廣調研、定方案的階段，看著我導打包發的上百篇參考文獻總算有點搞科研的樣子吧，嘆氣。
總得來說也是咂摸到搞科研的一些方法論，其實跟搞工程差不多，也是站在旁人的肩膀上，從學習別人的成果開始，大量閱讀、學習、使用和復現，總結提取相關競品的特點和缺點，然後進行需求分析，提出方案。
當然了，這篇幅是談文獻閱讀和組織，那主要是針對於這個過程裡面調研和學習的部分。與普通搞工程的不同，很多開源工程或庫的提供商都致力於實現可理解性、用戶友好性，都進行了高度的文檔化。但是搞科研就不同，內容多的是灌水，同時最核心的內容不一定開源，或者開源了也不一定就是所說的效果。畢竟科研講究的是創新。創新嘛，嘆氣。
科研垃圾的小小吐槽～
zotero#
主流的文獻組織管理器。其實也不算深度使用，大概記錄一下解決我的痛點問題和相關技巧。
所謂文獻就是一堆 pdf，原本也就是放在一個個文件夾裡。然後不斷打包下載，就有了好幾個文件夾，每個打開都十幾篇論文，頭大。
如果是剛開始從頭開始看，滿滿一個文件夾幾十篇也有點讓人沮喪，太多太亂！嘗試的做法是先粗度，然後提取抽象出一些分類和側重點，將他們分入不同的子文件夾中，然後再根據重心選擇一個方向對每篇細讀、精讀。示例如下：
然後閱讀的過程就會涉及標註、做筆記和總結。當然了標註和註釋這些一般閱讀器都會提供，但是就要考慮所標註的這個文件必須要自己保留好、自己完成同步。畢竟論文其實獲取都是簡便的，但是對論文閱讀總結和提取的智慧結晶是寶貴的。然後是對同一篇、同一個子方向的多篇閱讀之後，提取核心內容，進行總結。這部分原本的做法是，一邊標註，一邊對論文內容重新組織，使用原本的概念或者重新抽象一個概念，根據這些概念拷貝論文中核心的內容，總結一個新的文檔對閱讀過的知識內容進行索引。示例如下：
這個過程的體會來說，完成這個過程對於核心知識的理解、吸收和再索引效果都非常好。唯一的問題是耗時太長，無論是對理解的內容進行抽象和再組織，還是從原文獻把內容拷出來（直接拷貝的方法還有可能是內容過長）。同時跟文獻也是直接解绑的關係，相互跳轉有點麻煩。總結來說，感覺這種方式適合已經看完一個小方向的多篇文獻，對已經做好一些抽象、筆記的內容，特別是針對特別好的文獻，進行再組織，最後形成自己理解的知識內容，以後無需再逐一閱讀這些論文。
這裡就有一個需求，就是即時筆記和總結。
還有就是再索引。剛剛說的這個過程，如果把學習的知識提取到自己的知識庫中，那索引就根據自己的知識體系進行即可，基本脫離文獻內容。但是像剛剛說的，耗時太長決定了不是所有知識都會被提取出來。一些不是那麼實用、或者對當前工作很重要的內容會被暫時搁置。但是以後可能想起這個內容，再想去找出這個知識的原出處就比較麻煩了，甚至直接忘記這個內容。所以對看過的內容，除了即時筆記，還要抽象出標籤，幫助以後迅速索引到不同特點、不同方向、不同內容的文獻。
以上就是文獻閱讀和組織的生命周期中的一些需求和相應的方案：
- 分類使得文獻體系扁平化，能夠迅速專注於某個小問題上。
- 及時筆記和總結讓我們只要閱讀了就能產出東西。記錄萬物的哲學。
- 通過標籤和抽象實現體系化，方便進行以後的索引。
而上述這個過程就是 zotero 的核心理念（我自己理解的）：
- 所有文獻作為一個條目放在文庫中，不同條目放入不同的分類中，分類又嵌套包含子分類。另外，一個條目可以放入多種分類，這是合理的，可以有不同的分法。
- 點擊一篇文獻，右側顯示它的信息、筆記、標籤、預覽等。對其進行快速評估、索引和查找。
- 論文閱讀過程（zotero 作為 pdf 閱讀器），可以標註和一邊做筆記。
- 右下角直接篩選標籤。標籤可以使用某種顏色標記。
- 條目和分類的概念跟普通文件夾管理有點不同，一篇文獻不會固定在某個地方。所以如果我們想查找的是跨分類的、或者查看該分類下所有條目包括子分類中的（父分類不會直接包含所有子分類條目），那可以使用高級搜索。搜索結果可以保存下來。
結合上述的需求分析和方案，以及 zotero 使用，目前個人整理的方案如下：
- ** 首先是分類。** 將看過（粗看）的文章抽象一個概念放入相應的分類（可以同時放入多個分類）。
- ** 然後是標籤。** 提煉幾個概念：星號標註收藏，標識有參考價值的好論文；已讀標註已經看過的論文；待看標註短期的 TO DO LIST 等。
- 歸檔標籤下，按照時間順序歸類某個時間內看的論文集，最好最終分別產出一篇匯總筆記。
- 固定一個包含該大分類所有文獻的高級搜索，就可以對該領域對所有收藏、已看、或其他看完後打上標籤的文獻進行定向索引。
其他的一些技巧。
插件#
有很多很好用的插件，擴展一些小功能。這裡我使用的：
- ZotFile：自動重命名和在指定文件夾中關聯附件。主要與後者一起把已經打包下載好的文件，導入進來自動構建條目。
- Jasmium：主要是抓取知網元信息。
- Zotero PDF Preview：文獻預覽。
- Duplcates Merger for zotero：自動去重。
- Zotero PDF Translate：劃詞翻譯。
大部分的下載：Zotero 中文社區 (gitee.io)
同步#
官方提供的同步空間只有 300M，文獻數量一多就不夠用了。目前改為了堅果雲（每月 1GB 的上傳流量、單次上傳好像也是限制 300M 左右）。
方式就是在堅果雲創建賬號，在我的賬戶中賬戶安全添加第三方應用，把網址、賬戶密碼複製到 zetero 中。
共享#
研究一個課題往往是一個小組多名成員共同完成。跟做工程類似，調研和閱讀文獻過程應該也能分工進行團隊協作。完全可以在對文獻分類後，每個人看其中一個小分類，完成上述的知識提取和再組織過程，然後分發、講解給團隊成員。
如果這樣的話，自然產生一個需求：共享同一套文獻庫的分類、組織和管理，共享筆記和標註，以及最後總結的知識庫。
比如上述對文獻整理的過程，包括粗讀、抽象概念和分類等，這些過程對同一批文獻做的工作都是一樣的，自然應該分工不讓每個成員都重複一樣的工作。
所以：只要打開 zotero 看到的東西都一樣就好辦。
** 方案：** 這就是群組的概念。zotero 中新建一個群組，跳轉到 web 端，選擇公開或私密的類型（都建議選擇 public, Closed Membership），設置一下即可。本地管理與普通文獻庫類似。
** 問題：** 群組管理只能通過官方儲存庫，即只有 300M 的儲存空間。解決方案要麼購買更大的空間（但僅需管理員賬戶一人購買，其他人即可共享）。要麼轉為僅數據同步，即文獻庫的體系結構（這部分無上限），而文件同步，即文獻 PDF 等，通過其他第三方同步工具進行（然而安全、空間大、便捷性高的服務哪個不要付費嘞..）。下面是官方的說法。
