文献阅读与组织：zotero使用总结

前言

读研这么久，总算开始产出一点科研成果（bushi）。

从写开题报告开始使用 zotero 阅读文献（ctrl+c, ctrl+v），倒现在又半年多了。科研搞得基本没啥动静，叹气。

然后现在课题又进入广调研、定方案的阶段，看着我导打包发的上百篇参考文献总算有点搞科研的样子吧，叹气。

总得来说也是咂摸到搞科研的一些方法论，其实跟搞工程差不多，也是站在旁人的肩膀上，从学习别人的成果开始，大量阅读、学习、使用和复现，总结提取相关竞品的特点和缺点，然后进行需求分析，提出方案。

当然了，这篇幅是谈文献阅读和组织，那主要是针对于这个过程里面调研和学习的部分。与普通搞工程的不同，很多开源工程或库的提供商都致力于实现可理解性、用户友好性，都进行了高度的文档化。但是搞科研就不同，内容多的是灌水，同时最核心的内容不一定开源，或者开源了也不一定就是所说的效果。毕竟科研讲究的是创新。创新嘛，叹气。

科研垃圾的小小吐槽～

zotero

主流的文献组织管理器。其实也不算深度使用，大概记录一下解决我的痛点问题和相关技巧。

所谓文献就是一堆 pdf，原本也就是放在一个个文件夹里。然后不断打包下载，就有了好多个文件夹，每个打开都十几篇论文，头大。

如果是刚开始从头开始看，满满一个文件夹几十篇也有点让人沮丧，太多太乱！尝试的做法是先粗度，然后提取抽象出一些分类和侧重点，将他们分入不同的子文件夹中，然后再根据重心选择一个方向对每篇细读、精读。示例如下：

然后阅读的过程就会涉及标注、做笔记和总结。当然了标注和注释这些一般阅读器都会提供，但是就要考虑所标注的这个文件必须要自己保留好、自己完成同步。毕竟论文其实获取都是简便的，但是对论文阅读总结和提取的智慧结晶是宝贵的。然后是对同一篇、同一个子方向的多篇阅读之后，提取核心内容，进行总结。这部分原本的做法是，一边标注，一边对论文内容重新组织，使用原本的概念或者重新抽象一个概念，根据这些概念拷贝论文中核心的内容，总结一个新的文档对阅读过的知识内容进行索引。示例如下：

这个过程的体会来说，完成这个过程对于核心知识的理解、吸收和再索引效果都非常好。唯一的问题是耗时太长，无论是对理解的内容进行抽象和再组织，还是从原文献把内容拷出来（直接拷贝的方法还有可能是内容过长）。同时跟文献也是直接解绑的关系，相互跳转有点麻烦。总结来说，感觉这种方式适合已经看完一个小方向的多篇文献，对已经做好一些抽象、笔记的内容，特别是针对于特别好的文献，进行再组织，最后形成自己理解的知识内容，以后无需再逐一阅读这些论文。

这里就有一个需求，就是即时笔记和总结。

还有就是再索引。刚刚说的这个过程，如果把学习的知识提取到自己的知识库中，那索引就根据自己的知识体系进行即可，基本脱离文献内容。但是像刚刚说的，耗时太长决定了不是所有知识都会被提取出来。一些不是那么实用、或者对当前工作很重要的内容会被暂时搁置。但是以后可能想起这个内容，再想去找出这个知识的原出处就比较麻烦了，甚至直接忘记这个内容。所以对看过的内容，除了即时笔记，还要抽象出标签，帮助以后迅速索引到不同特点、不同方向、不同内容的文献。

以上就是文献阅读和组织的生命周期中的一些需求和相应的方案：

分类使得文献体系扁平化，能够迅速专注于某个小问题上。

及时笔记和总结让我们只要阅读了就能产出东西。记录万物的哲学。

通过标签和抽象实现体系化，方便进行以后的索引。

而上述这个过程就是 zotero 的核心理念（我自己理解的）：

所有文献作为一个条目放在文库中，不同条目放入不同的分类中，分类又嵌套包含子分类。另外，一个条目可以放入多种分类，这是合理的，可以有不同的分法。

点击一篇文献，右侧显示它的信息、笔记、标签、预览等。对其进行快速评估、索引和查找。

论文阅读过程（zotero 作为 pdf 阅读器），可以标注和一边做笔记。

右下角直接筛选标签。标签可以使用某种颜色标记。

条目和分类的概念跟普通文件夹管理有点不同，一篇文献不会固定在某个地方。所以如果我们想查找的是跨分类的、或者查看该分类下所有条目包括子分类中的（父分类不会直接包含所有子分类条目），那可以使用高级搜索。搜索结果可以保存下来。

结合上述的需求分析和方案，以及 zotero 使用，目前个人整理的方案如下：

** 首先是分类。** 将看过（粗看）的文章抽象一个概念放入相应的分类（可以同时放入多个分类）。

** 然后是标签。** 提炼几个概念：星号标注收藏，标识有参考价值的好论文；已读标注已经看过的论文；待看标注短期的 TO DO LIST 等。

归档标签下，按照时间顺序归类某个时间内看的论文集，最好最终分别产出一篇汇总笔记。

固定一个包含该大分类所有文献的高级搜索，就可以对该领域对所有收藏、已看、或其他看完后打上标签的文献进行定向索引。

其他的一些技巧.

插件

有很多很好用的插件，扩展一些小功能。这里我使用的：

ZotFile：自动重命名和在指定文件夹中关联附件。主要与后者一起把已经打包下载好的文件，导入进来自动构建条目。

Jasmium：主要是抓取知网元信息。

Zotero PDF Preview：文献预览。

Duplcates Merger for zotero：自动去重。

Zotero PDF Translate：划词翻译。

大部分的下载：Zotero 中文社区 (gitee.io)

同步

官方提供的同步空间只有 300M，文献数量一多就不够用了。目前改为了坚果云（每月 1GB 的上传流量、单次上传好像也是限制 300M 左右）。

方式就是在坚果云创建账号，在我的账户中账户安全添加第三方应用，把网址、账户密码复制到 zetero 中。

共享

研究一个课题往往是一个小组多名成员共同完成。跟做工程类似，调研和阅读文献过程应该也能分工进行团队协作。完全可以在对文献分类后，每个人看其中一个小分类，完成上述的知识提取和再组织过程，然后分发、讲解给团队成员。

如果这样的话，自然产生一个需求：共享同一套文献库的分类、组织和管理，共享笔记和标注，以及最后总结的知识库。

比如上述对文献整理的过程，包括粗读、抽象概念和分类等，这些过程对同一批文献做的工作都是一样的，自然应该分工不让每个成员都重复一样的工作。

所以：只要打开 zotero 看到的东西都一样就好办。

** 方案：** 这就是群组的概念。zotero 中新建一个群组，跳转到 web 端，选择公开或私密的类型（都建议选择 public, Closed Membership），设置一下即可。本地管理与普通文献库类似。

** 问题：** 群组管理只能通过官方储存库，即只有 300M 的储存空间。解决方案要么购买更大的空间（但仅需管理员账户一人购买，其他人即可共享）。要么转为仅数据同步，即文献库的体系结构（这部分无上限），而文件同步，即文献 PDF 等，通过其他第三方同步工具进行（然而安全、空间大、便捷性高的服务哪个不要付费嘞..）。下面是官方的说法。